公积金还款日余额不足会有二次扣款的，在还款日当天，公积金系统会有两次扣款失败，分别是上午和下午。
除此之外，公积金中心有规定，如果借款人的公积金贷款上一期为正常还款状态，在合同约定还款日次日，给予一次补扣机会，若是扣划再次失败，贷款状态在补扣日当日转为逾期，并自补扣日按最低还款额开始计收罚息。
也就是说，借款人如果上期还款是正常的，那么到了本期公积金还款日，还款卡余额不足，第二天公积金系统会进行二次补扣。只要补扣成功，就不属于逾期。
公积金系统的扣款时间暂时是没有固定的，但是也有一定的规律遵循。如果连续几个月，借款人的公积金贷款都在同一个时间扣款成功，那么后续基本上也不会有太大的变动。
借款人绑定一张银行卡为还款卡，到了还款日系统会从绑定的银行卡里面扣款。
系统会在借款人贷款的公积金账户内，每个月，或者每年进行扣款还款。这种还款方式也被称为公积金对冲还款。借款人在申贷时，就需要委托银行提取个人公积金账户余额里的钱去还贷款月供。
还房贷期间是可以从公积金账户里面提取资金还房贷的，比如你每年从公积金里面提取一次，用来提前还房贷。
公积金扣款夫妻不可以一起扣，因为公积金扣款是按一定的顺序进行的，具体如下：
主贷人是贷款合同中的主要借款人，负责还款义务。因此，代扣银行会优先从主贷人的公积金账户扣除当月还款金额。主贷人的公积金账户余额足够支付当月还款金额，不会启用次贷人的扣款，也不会再进行扣款。
如果主贷人的公积金账户余额不足以支付当月还款金额，代扣银行会从次贷人的公积金账户扣款。次贷人是贷款合同中的辅助借款人，其公积金账户可以作为补充支付来源。
如果主贷人和次贷人的公积金账户余额都不足以支付当月还款金额，代扣银行会从主贷人的银行卡扣款。这是为了确保还款的顺利进行，尽可能避免逾期情况。
如果前面的方式都没还清当月还款金额，代扣银行最后会从次贷人的银行卡扣款。如果次贷人银行卡里资金也足以支持本次扣款，则夫妻双方的公积金贷款都会逾期。
公积金扣款金额不足，系统会发起第二次自动扣款，用户不用担心首次扣款失败会导致公积金贷款逾期。当然，用户如果担心第二次自动扣款的时间比较晚，完全可以选择主动还款。公积金贷款本质上也是房贷，登录网上银行或者手机银行APP，就可以进行主动还款操作。
公积金贷款还款日当天，系统自动扣款失败或者自动扣款余额不足，均会在还款日当天再次发起自动扣款。
首次自动扣款一般是上午，第二次自动扣款一般是下午。有部分系统，甚至会在晚上发起第三次扣款。
由于自动扣款的次数不止一次，因此第一次还款钱不够，只要第二次补扣的资金足以归还本期应还款金额，那么就视为还款成功。
比如，本月应还款金额为2500元，系统首次自动扣款，还贷银行卡中只有500元，那么就只会先扣除500元。
在第二次发起自动扣款时，银行卡中已经有足够的余额，那么第二次自动扣款就会补扣2000元。多次扣款加起来的扣款金额是当月月供金额，这就是公积金扣款的补扣机制。
如果是配偶双方共同申请公积金贷款，则先从主贷人还款银行卡发起自动扣款，钱不够的话，再从次贷人还款银行卡中发起自动扣款。
而办理了公积金对冲还款业务，先从主贷人公积金账户发起扣款，钱不够的话，依次从次贷人公积金账户发起扣款，主贷人银行卡发起自动扣款，次贷人银行卡发起自动扣款。
公积金还款确实可以从公积金账户中扣款，但这并不是唯一的方式。当公积金账户余额足够时，每月的还款额会直接从公积金账户中扣除。然而，如果公积金账户余额不足，借款人需要将不足的部分通过其他方式，如银行储蓄账户或现金，进行补足。
对于纯公积金贷款，在还款期内，会按月使用职工个人公积金账户余额，在房贷还款日直接冲抵公积金贷款当月应还款额，不足部分仍从职工贷款还款卡中扣取。对于组合贷款或贴息贷款，借款人及配偶每月约定提取一次住房公积金，每月提取金额为上一月偿还的贷款本息。
此外，借款人需在每月还款日前按照贷款还款计划表上的本息金额将款项存入已开立的储蓄卡中，等到还款日当天，银行会自动扣除。即使是从公积金账户扣款，也需要借款人办理公积金冲还贷的业务，每月还款日的当天才会自动从账户中扣除。
因此，公积金还款的扣款方式灵活多样，既可以优先从公积金账户扣款，也可以在公积金账户余额不足时通过其他方式补足，确保还款顺利进行。
一般情况下公积金当天未扣款成功的情况下，是会在次日进行二次补扣的，这样本身是属于一种逾期行为的。但是具体还是取决于扣款失败的原因。
1、若是因为借款人的还款卡没有足够的余额导致的扣款失败的，那么公积金二次补扣是属于逾期还款的。建议用户要尽快往卡里存入足够的还款金额。
2、若是因为银行系统更新升级或维护造成的扣款失败，那么是属于银行内部的问题，则不属于逾期还款。
1、如果公积金贷款申请人未能按照公积金借款合同每月履行还款义务，公积金管理中心可根据相关规定对贷款申请人的逾期部分房贷进行罚息。
2、如果公积金贷款申请人在经多次催收后，仍无力进行还款的，公积金管理中心可以向法院申请处理公积金贷款申请人的抵押物或质押物。
3、公积金贷款申请人本人及配偶的逾期记录将会被公积金管理中心上报个人征信中心。
同时，其贷款担保人也会需要负一定的法律连带责任。
1、公积金贷款申请人未按规定对公积金贷款专款专用。
2、公积金贷款申请人在未经的公积金管理中心和受委托银行同意将抵押物或质押物进行变卖、转让、赠送或重复抵押。
3、公积金贷款申请人所抵押的房产遭遇拆迁的，公积金贷款申请人却未及时通知公积金管理中心，也未办理贷款清偿手续或重新落实担保方式的。
4、公积金贷款申请人有连续3个月或累计满6次未按时足额偿还住房公积金贷款的。
5、公积金贷款申请人拒绝或阻挠公积金管理中心对公积金贷款进行监督检查的。
6、公积金贷款申请人在未告知公积金的情况下，私自与他人签订有损公积金管理中心权益的合同或协议的。
7、公积金贷款担保人丧失担保能力的。
8、公积金贷款申请人的抵押物因损毁不足以清偿房贷的。
希望以上内容能对您有所帮助，如果您还有其它问题请咨询专业律师。
【法律依据】：《住房公积金管理条例》
第二十条单位应当按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存或者少缴。
对缴存住房公积金确有困难的单位，经本单位职工代表大会或者工会讨论通过，并经住房公积金管理中心审核，报住房公积金管理委员会批准后，可以降低缴存比例或者缓缴；待单位经济效益好转后，再提高缴存比例或者补缴缓缴。