1、住房公积金一般是应纳税前从工资中扣除。公积金扣款比例根据职工与单位可以在5%-12%中自由选择。但工伤保险和生育保险由单位缴纳，个人不缴纳。
2、职工和单位住房公积金的最低缴存比例各为5%，最高比例为12%，有条件的城市，可以适当提高缴存比例，一般为8%-12%。
3、医疗保险：单位6-4%，个人2-4%。
4、《住房公积金管理条例》第十八条职工和单位住房公积金的缴存比例均不得低于职工上一年度月平均工资的5%；有条件的城市，可以适当提高缴存比例。具体缴存比例由住房公积金管理委员会拟订，经本级人民政府审核后，报省、自治区、直辖市人民政府批准。
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单位和个人分别在不超过职工本人上一年度月平均工资12%的幅度内，其实际缴存的住房公积金，允许在个人应纳税所得额中扣除。单位和职工个人缴存住房公积金的月平均工资不得超过职工工作地所在地区城市上一年度职工月平均工资的3倍，具体标准按照各地有关规定执行。
补充公积金的制度是住房公积金制度的一种补充，都是一种长期住房储金，用于职工的住房消费，属于职工们个人。住房公积金缴存比例作为单位、个人各7%，其缴存额有上下限的相关限制，而补充住房公积金的单位和个人的缴存比例，分别在不大于各自8%不小于各1%的范围内，由单位自行确定，其缴存额没有上下限的限制。
就补充公积金是否能允许在个人的应纳税所得额中扣除的问题，当补充公积金在5%以内的情况下是允许在个人的应纳税所得额中扣除的，而当补充公积金的比例超出了5%，单位和个人缴付的住房公积金中，超过的部分将并入工资、薪金收入，计征个人所得税。
补充公积金、补充医疗保险、分房、培训都不是国家强制的要求单位给予的福利待遇。公司给予员工的这些待遇，是公司自己可以进行决定的。为了留住人才，给予这些的待遇，公司可以设置一些条件，只要不违反法律强制规定。不过，如果要求员工在离职时退回已给的待遇，公司应当与员工有明确的约定，或者内部有合法有效的规章制度才行。
补缴公积金需要提供以下证明资料：
1、本单位职工代表大会或全工大会通过的决议原件；
2、经会计师事务所审计的上年度财务报告原件及复印件；
3、申请月份上月的资产负债表、损益表原件；
4、情况特殊的，应当根据要求提供其他相关资料。
综上所述是小编对补充公积金扣除比例个税做出的相关回答，希望可以帮助到您。
【法律依据】：《住房公积金管理条例》第三条职工个人缴存的住房公积金和职工所在单位为职工缴存的住房公积金，属于职工个人所有。第四条住房公积金的管理实行住房公积金管理委员会决策、住房公积金管理中心运作、银行专户存储、财政监督的原则。第五条住房公积金应当用于职工购买、建造、翻建、大修自住住房，任何单位和个人不得挪作他用。
1、公积金缴纳基数的比例很多人都不太了解，也不知道公积金到底要交多少。那么，公积金缴纳基数是扣除五险一金后吗？公积金缴纳基数是税前还是到手？一起来看看趣丁网带来的详细介绍吧！
2、公积金缴纳基数是扣除五险一金后吗
3、公积金缴纳基数不是扣除五险一金后，住房公积金缴费基数是根据职工本人上一年度月平均工资来计算确定的。根据《住房公积金管理条例》第十六条职工住房公积金的月缴存额为职工本人上一年度月平均工资乘以职工住房公积金缴存比例。单位为职工缴存的住房公积金的月缴存额为职工本人上一年度月平均工资乘以单位住房公积金缴存比例。
4、公积金缴存基数是税前工资，按照百分比缴纳。住房公积金缴存基数按照职工本人上一年度年底应发工资全额进行核定，每年调整一次，缴存基数原则上不应超过职工工作地所在设区城市统计部门公布的上一年度职工月平均工资的3倍。每年调整时间由中心提前行文通知。
5、公积金缴纳基数是基本工资加绩效吗
6、绩效工资纳入公积金缴存基数。绩效工资包括基础性绩效工资和奖励性绩效工资，职工住房公积金的月缴存额为职工本人上一年度月平均工资乘以职工住房公积金缴存比例。《公积金管理条例》第十六条规定：职工住房公积金的月缴存额为职工本人上一年度月平均工资乘以职工住房公积金缴存比例。单位为职工缴存的住房公积金的月缴存额为职工本人上一年度月平均工资乘以单位住房公积金缴存比例。